在上海注册公司，首先要了解小规模纳税人和一般纳税人的核心差异。小规模纳税人采用简易计税方式，按照政策规定的征收率计算税款，操作相对简便，但不能抵扣购进环节取得的增值税专用发票。而一般纳税人适用标准计税方法，销项税额可抵扣合规进项税额，实际税负取决于成本结构。
在发票开具方面，小规模纳税人通常只能自行开具增值税普通发票，如需开具专用发票，多数情况下需向税务机关申请代开；一般纳税人则可直接开具增值税专用发票，这对于与企业客户、高校、科研机构等合作尤为重要。
政策适用上，小规模纳税人若季度销售额未超过30万元，可享受增值税免征优惠，适合初期业务量较小的团队；一般纳税人虽无免税额度，但无业务规模上限，且年应税销售额超过500万元后，系统将提示登记为一般纳税人。
公司的规模和发展趋势是选择纳税人身份的重要考量因素。如果公司起点高，资金充足，销售额即将超过500万元，那么可以直接申请一般纳税人。因为一般纳税人对于业务规模较大的企业来说，在税务处理和业务拓展上更具优势。例如，一些大型的贸易公司，其年销售额很容易超过500万元，选择一般纳税人身份可以更好地适应其业务发展。
相反，如果公司预计的月销售额低于15万元，申请小规模纳税人更为合适。这样可以享受增值税免征政策，有效降低企业成本。比如一些小型的工作室，业务量相对较小，选择小规模纳税人身份能在税务方面获得实惠。
供应商的类型也会影响纳税人身份的选择。如果供应商主要是一般纳税人，能获得进项税发票进行抵扣，那么申请办理一般纳税人是比较明智的选择。因为一般纳税人可以凭借进项税发票抵扣销项税额，从而降低实际税负。例如，一家制造业企业，其原材料供应商大多为一般纳税人，该企业选择一般纳税人身份后，就可以通过抵扣进项税来减少纳税金额。
如果供应商主要是小规模纳税人，无法获得进项税发票，则申请办理小规模纳税人更为妥当。因为小规模纳税人不需要进行进项税抵扣，其计税方式相对简单，更适合这种情况。比如一些小型的餐饮企业，其食材供应商多为小规模纳税人，选择小规模纳税人身份可以避免因无法抵扣进项税而增加税负。
下游客户的类型和需求也是关键因素。如果客户以一般纳税人为主，要求按税率开具增值税专用发票，那么申请办理一般纳税人是必要的。因为一般纳税人可以直接开具增值税专用发票，满足客户的需求，有利于业务的开展。例如，一家为大型企业提供服务的科技公司，其客户大多为一般纳税人，该公司选择一般纳税人身份可以更好地与客户进行业务往来。
如果客户以小规模纳税人为主，不需要提供增值税专用发票，应当申请小规模纳税人。这样可以降低企业的税务成本，同时也能满足客户的需求。比如一些面向个体工商户和个人消费者的零售企业，其客户对增值税专用发票的需求较低，选择小规模纳税人身份更为合适。
公司的初始投资规模也会对纳税人身份的选择产生影响。如果公司早期固定资产投资规模较大，可以获得增值税专用发票，且投资额较多，建议直接申请一般纳税人。因为一般纳税人可以抵扣固定资产投资所产生的进项税额，减少纳税金额。例如，一家新成立的工厂，购置了大量的生产设备，这些设备的购置可以取得增值税专用发票，选择一般纳税人身份可以充分利用进项税抵扣的优势。
如果初始投资较小，资产轻运营，可以申请小规模纳税人。小规模纳税人的计税方式简单，税务成本相对较低，更适合这种情况。比如一些小型的咨询公司，初始投资主要用于办公设备和人员薪酬，选择小规模纳税人身份可以降低税务负担。
不同行业的特性和税收优惠政策也是选择纳税人身份的重要依据。如果货物销售的主要税率为13%，货物发票链完整，增值税实际税负不高（低于3%），建议申办一般纳税人。例如，一些大型的商贸企业，其货物销售税率为13%，且发票链完整，选择一般纳税人身份可以更好地进行税务管理。
如果服务业是主业，则行业的税率为6%，劳动力成本是主要成本，进项发票较少，建议申办小规模纳税人。因为小规模纳税人的计税方式更适合这种进项发票较少的情况。比如一些小型的服务型企业，如广告公司、设计公司等，其主要成本为人力成本，选择小规模纳税人身份可以降低税务成本。
此外，还要看所在行业能否享受增值税优惠政策。如软件企业享有增值税返还等优惠政策，如果能享受，建议选择一般纳税人，否则选择小规模纳税人。例如，一家软件企业可以享受增值税超税负返还政策，选择一般纳税人身份可以充分利用这一优惠政策，降低企业税负。
综上所述，上海注册公司选择小规模纳税人还是一般纳税人，需要综合考虑公司规模、供应商、下游客户、初始投资、行业特性和优惠政策等多方面因素。在做出决策前，建议企业充分了解相关政策和规定，并结合自身实际情况进行分析和判断，以选择最适合自己的纳税人身份，实现企业的可持续发展。